K řízení, organizaci a kontrole opatření k ochraně před povodněmi stanoví zákon č.254/2001 Sb., o vodách a o změně některých zákonů (vodní zákon) tzv. povodňové orgány.

Povodňovým orgánem obce mimo povodně je obecní úřad [10]. Ten v rámci zabezpečení úkolů při ochraně před povodněmi zejména:

• zpracovává povodňový plán obce a předkládá jej k odbornému stanovisku správci povodí, v případě drobných vodních toků správci těchto vodních toků,
• provádí povodňové prohlídky, zejména při hrozbě vzniku povodně,
• zajišťuje pracovní síly a věcné prostředky na provádění záchranných prací a zabezpečení náhradních funkcí v území,
• prověřuje připravenost účastníků ochrany podle povodňových plánů,
• organizuje a zabezpečuje hlásnou povodňovou službu a hlídkovou službu,
• zabezpečuje varování právnických a fyzických osob v územním obvodu obce s využitím jednotného systému varování a vyrozumění,
• informuje o nebezpečí a průběhu povodně povodňové orgány sousedních obcí a povodňový orgán obce s rozšířenou působností,
• vyhlašuje a odvolává stupně povodňové aktivity v rámci územní působnosti,
• organizuje, řídí, koordinuje a ukládá opatření na ochranu před povodněmi podle povodňových plánů a v případě potřeby vyžaduje od orgánů, právnických a fyzických osob osobní a věcnou pomoc,
• zabezpečuje evakuaci a návrat, dočasné ubytování a stravování evakuovaných občanů,
• zajišťuje v době povodně nutnou hygienickou a zdravotnickou péči, organizuje náhradní zásobování, dopravu a další povodní narušené funkce v území,
• provádí prohlídky po povodni, zjišťuje rozsah a výši povodňových škod, zjišťuje účelnost provedených opatření a podává zprávu o povodni povodňovému orgánu obce s rozšířenou působností,
• vede záznamy v povodňové knize.

Povodňovým orgánem obce pro dobu povodně (počínaje 2.stupněm povodňové aktivity) je povodňová komise obce [10], kterou zřizuje obecní rada. Předsedou povodňové komise obce je starosta obce. Další členy komise jmenuje z členů obecního zastupitelstva a z fyzických a právnických osob, které jsou způsobilé k provádění opatření, popřípadě k pomoci při ochraně před povodněmi.

Povodňové orgány se při své činnosti řídí povodňovými plány. V době povodně mohou činit opatření a vydávat operativní příkazy k zabezpečení ochrany před povodněmi.

Všechna přijatá opatření a vydané příkazy se zapisují do povodňové knihy. Povodňová kniha je pracovní deník, který vedou povodňové orgány, další účastníci ochrany před povodněmi a subjekty, které mají tuto povinnost zakotvenou ve svých povodňových plánech.